الاتفاقية التي وُقّعت في دولة جنوب السودان بمدينة جوبا بين الحكومة الانتقالية والجبهة الثورية متمثلة في حركات الكفاح المسلح، رغم التباينات والتقاطعات والاختلافات العديدة بين مؤيد ومعارض لهذه الاتفاقية التي يصفها البعض بأنها اتفاق جزئي لا يمكن أن يكتمل إلا بإلحاق عبد الواحد محمد نور رئيس حركة تحرير السودان، وعبد العزيز الحلو رئيس حركة تحرير السودان شمال، كما يرى البعض الآخر أن هذه الاتفاقية فصلت لمناطق معينة، وهي لا تلبي ولا تخاطب كل مشاكل السودان، وكان الأحرى توقيع اتفاقية سلام تشمل كل الأطراف السودانية، ففي مسار الشمال والشرق هناك اعتراضات وعدم اعتراف بالاتفاقية، بينما هنالك اعتراضات واسعة لهذه الاتفاقيات بين مكونات ولاية غرب درافور السياسية والشعبية، وهنالك العديد من الأصوات التي تنادي وتعتقد بأن نتيجة هذه الاتفاقية سوف تؤدي إلى الانفلات الأمني والمحاصصات وعدم احترام القانون والانقسام بين مكونات الشعب السوداني، ورغم كل هذه التقاطعات والآراء ومحدودية اتفاقية جوبا، إلا أن هذه الاتفاقية وضعت حداً للحرب بتوقيع معظم الحركات عليها مما يؤدي لحل قضية النزوح واللجوء وتحقيق الأمن والاستقرار والسلام الدائم، والشاهد أن الهدف الرئيسي من هذه الاتفاقية هو تحقيق السلام الشامل وتوافق كل الأطراف السياسية السودانية من خلف وحدة وطنية سودانية تؤدي إلى استقرار سياسي واقتصادي واجتماعي في إطار الحكم الفيدرالي بعد صراع مرير بين أبناء الوطن الواحد منذ الاستقلال حتى سقوط حكومة الإنقاذ، الأمر الذي يتطلب مراجعة شاملة لكل السلبيات التي صاحبت الإنقاذ من حيث التمكين وإثارة الحروب القبلية ومعاداة المجتمع الدولي ومصادرة الحريات.
ولضمان نجاح اتفاقية جوبا وعدم تكرار ما حدث في الاتفاقيات الماضية، لأن معظم الموقعين على اتفاقية جوبا هم نفس الوجوه التي وقعت على اتفاقيات سلام مع نظام الإنقاذ وعادوا مرة أخرى للتمرد، لذا يجب عدم تكرار ما حدث من اتفاقيات أبوجا ــ الدوحة ــ الشرق وغيرها من الاتفاقيات الفاشلة. لذا يجب معالجة قضية الحرب معالجة شاملة والحرص على معالجة قضايا اللجوء والنزوح بطريقة جذرية وفق خطة زمنية محددة والسرعة في الإجراءات باندماج كل أفراد الحركات المسلحة في المجتمع السوداني، وبما أن هذه الاتفاقية لكل أهل السودان يجب الابتعاد عن الادعاء بملكيتها لأطراف معينة والبعد عن التمكين وفرض الولاءات القبلية والإثنية والابتعاد عن المفهوم الفيدرالي الخاطئ الذي يؤدي إلى تمييز وامتلاك الأقاليم للحركات الموقعة لاتفاقية سلام جوبا، والأهم من كل ذلك وهو رأس القصيد الترتيبات الأمنية الذي يجب أن يتخذ طابع السرعة في تنفيذها وحصر السلاح في أيدي القوات النظامية فقط، وتفكيك كل جيوش الحركات والمليشيات القبلية وعلى كل قيادات الحركات المسلحة (حركات الكفاح المسلح) الموقعة على اتفاقية جوبا أن تعلم أن هذا السلام ليس حركة أو منظومة معينة بل هو اتفاقية سلام لكل أهل السودان من حيث الحقوق والواجبات والتنمية المتوازنة، ولابد من العدالة وتسامي النفوس وتناسي الاحقاد والمحافظة على القيم السودانية ولفظ الجهوية والعنصرية بعد أن انتهى عصر التمكين والتهميش إلى عهد يقود السودان إلى الديمقراطية عبر صناديق الاقتراع، وهذا هو المفهوم الأول والأخير الذي ترتكز عليه اتفاقية جوبا بين حركات الكفاح المسلح والحكومة الانتقالية، وبما أن هذه الاتفاقية الآن تنفذ على أرض الواقع يعني ذلك بأن كل تلك المسميات لحركات الكفاح المسلح قد انتهت تماماً وبقي اسم السودان والشعب السوداني والأحزاب السياسية السودانية ولا مجال البتة لمجموعات مسلحة داخل دولة تسعى للحرية والعدالة والسلام عبر انتخابات تؤدي إلى حكومة شرعية منتخبة لذا يجب المعالجة الشافية لاتفاقية جوبا وعدم تكرار مآسي الاتفاقيات السابقة.