تتميز القارة الأفريقية من بين كل القارات بامتلاكها أكبر مخزون مياه ولكنها رغم ذلك مهددة بالعطش بسبب مجموعة من العوامل بداية من الاحتباس الحراري الذي أصبح هاجساً لكل دول العالم، كذلك الزيادة السكانية على المستوى القاري والمياه أساس الحياة كما جاء في قوله تعالى: (وجعلنا من الماء كل شيء حى). ومن قديم الزمان ظل الإنسان يعيش على ضفاف الأنهار والبحيرات وشيد الحضارات وأقام مدنه على موارد المياه، وبسبب الأطماع التوسعية خاضت البشرية أشرس المعارك منذ بدء الخليقة بينما تغطي المياه معظم سطح الكرة الأرضية، فإن أقل نسبة من هذه المياه مياه عذبة مجمدة في صورة ثلج في قطبي الكرة الأرضية، بينما المياه العذبة السائلة شديدة القدرة مقارنة بالمياة المجمدة وتتفاقم هذه المشكلة لأن معظم مياه العالم العذبة تتركز في البحيرات التي تمتلكها دولتان ويجمع المستهلكون والخبراء أن سبب ندرة المياه وشحها سيكون السبب الأساسي للنزاعات العسكرية بين العديد من الدول وستكون القارة الأفريقية الساحة الأولى لهذه النزاعات، فمعظم أنهار أفريقيا وبحيراتها تشارك فيها العديد من الدول، وترى هذه الدول أن حصتها من المياه حقاً لا مساس فيه إلى جانب أن هناك عوامل عديدة تساعد على تفاقم أزمة المياه في القارة فالاحترار الكوني الناتج عن غازات الاحتباس الحراري زاد من معدلات التبخر مما أدى إلى تغير تضاريس القارة مما أثر على موارد القارة المائية وزيادة عدد السكان والامتداد العمراني والمشاريع الاقتصادية الزراعية الكبرى.
ويبلغ عدد البحيرات 677 بحيرة تحتوي على 30 ألف كيلو متر مكعب من المياه، وبذلك تمتلك أكبر مخزون مائي في العالم، ورغم كل ذلك تعاني البحيرات من الانكماش بسرعة غير متوقعة مما حدا الأمم المتحدة إعداد دراسة كاملة قامت بها منظمة الامم المتحدة للبيئة وألقت الضوء على النزاعات البيئية الخطيرة التي لحقت بالبحيرات جراء التغيّر المناخي والاستغلال المفرط لمياه القارة التي حملت اسم أطلس البحيرات الأفريقية مقارنة بصور الأقمار التي التقطتها من زمن بعيد مقارنة، وقد بين الأطلس الجديد تغيرات مفزعة وخطيرة لها آثار سلبية أبرزها تقلص ونقصان بحيرة سنجور في غانا بسبب الإنتاج الكثيف للملح بسبب التغيرات الكبيرة التي حدثت لمجرى نهر الزمبيزي نتيجة لبناء سد كابورا باسا.
كذلك أظهر الأطلس إضفاء 90% من مساحة كبيرة نشأت وقطع الغابات حول بحيرة تاكورو في كينيا وزيادة الكثافة السكانية والعمرانية حول بحيرة فكتوريا وأظهرت صور الأقمار الصناعية أن هناك تراجعاً في مستوى المياه في بحيرة فكتوريا مقارنة مع التسعينيات. وتقول الأمم المتحدة أن حماية هذه البحيرات أمر هام وحيوي، إذا أردنا مكافحة الفقر نظراً لما تمثله من موارد مهمة للغذاء وفرص العمل، وقد أقرت دراسة وإحصائيات دقيقة لعدد البحيرات الأفريقية الطبيعة والتي من صنع الإنسان نتيجة لبناء السدود وخزانات المياه 677 بحيرة وهناك من يتعدى بالعدد خمسين ألف بحيرة وسبعة آلاف وخمسمائة من صنع الإنسان، وتمتلك أوغندا أعلى معدل في البحيرات بـ 69 بحيرة تليها كينيا بـ 64 بحيرة. وتحتل الكمرون المركز الثالث بـ 59 بحيرة تليها تنزانيا 49 وأثيوبيا 46 بحيرة وهذه الدول تحتل المركز الأول بالنسبة لعدد البحيرات في القارة أما الدول التي تمتلك أقل عدد من البحيرات في القارة فأولها الغابون بها 8 بحيرات وملاوي 13 بحيرة وأقلها بتسوانا 12 بحيرة أما بالنسبة للبلاد العربية فتحتل المغرب المركز الأول في عدد البحيرات 26 بحيرة تليها مصر 16 بحيرة وتونس 15 بحيرة، وتنتج هذه البحيرات سنوياً مليون طن من الأسماك وهو عدد قليل بعدد البحيرات نتيجة تدهور نوعية المياه في مجاري الأنهار الأفريقية نتيجة صرف مياه المجاري والتلوث الصناعي أدى إلى تراجع حصيلة الصيد خاصة نهر النيل وبحيرة تشاد، ثم يأتي دور المستنقعات التي ترتبط عادة بالمستنقعات وشبكات الأنهار وهي مهمة للحياة البرية وأهم هذه المستنقعات توجد في دلتا أوكافانجو وحوض بحيرتي تشاد وفكتوريا وسهول الفيضانات في دلتا أنهار النيجر والكنغو والزمبيزي، وهذه المستنقعات جرى تجفيفها على نطاق واسع من أجل الزراعة وقد فقدت النيجر 80% من مستويات المياه العذبة خلال العشرين سنة الماضية. وتستهلك أفريقيا سنوياً 90% من المياه لأغراض الزراعة يضيع فيها حوالي 40 أو 6 في المئة نتيجة التسرب والتبخر.